到2019年底，柬埔寨吴哥航空增加了飞往中国北京、广州、上海、杭州和海口的国际航班，并新增了飞往越南胡志明和岘港的航班。2020年，由于新型冠状病毒肺炎在全球流行，航空运输量急剧下降，柬埔寨吴哥航空公司也受到严重影响，导致许多航班减少和取消。

值得一提的是，应卫生部要求，柬埔寨政府首相洪森宣布，从2020年8月1日起，马来西亚和印度尼西亚的航班将暂停。最近，柬埔寨新确诊的病例大多来自马来西亚、印度尼西亚、俄罗斯和沙特阿拉伯。